顱內靜脈竇血栓形成鑑別一般需要與以下疾病進行鑑別：

1、首先需要鑑別良性顱內壓增高症，可表現為頭痛、噁心、嘔吐等不適，但一般沒有顱內靜脈竇血栓的其它表現，如肢體無力、抽搐等；

2、需要和動脈系統疾病如出血性卒中相鑑別，一般通過核磁或CT可以做出判斷；

3、需要與腦膿腫、腦腫瘤及腦炎等疾病進行鑑別，結合相應病史，如有無感染進行鑑別。

因其病因和表現都不相同，還需要對顱內靜脈竇血栓形成不同部位的靜脈竇血進行鑑別。一般顱內靜脈竇血栓分為以下幾種：

1、上矢狀竇血栓形成，最常見於脫水或衰弱嬰兒，常見於創傷、腫瘤、妊娠患者。一般症狀包括全身情況衰弱、發熱、頭痛及下肢近端為重的肢體癱瘓。還可以出現精神症狀和一過性尿瀦留；

2、需要鑑別海綿竇血栓形成，常見於鼻竇，上面部化膿性感染病灶，即常見的危險三角區，主要表現眼球突出、水腫和眼球活動障礙以及眼球固定，同時還可以出現顏面部腫痛、疼痛、角膜反射消失；

3、需要鑑別橫竇和乙狀竇血栓，一般是由化膿性乳突炎或中耳炎引起；

4、與直竇血栓鑑別，表現為去大腦強直和不自主運動。