肺孢子菌肺炎是由肺孢子菌感染導致的肺炎。肺孢子菌不屬於傳染的病原體，因此肺孢子菌肺炎不具備傳染性，不會傳染。

肺孢子菌肺炎，又可以稱為卡氏肺孢子蟲肺炎、卡氏肺囊蟲肺炎。因為在上個世紀的50年代，肺孢子菌肺炎多半發生在早產兒、營養不良的嬰兒。近10多年來，艾滋病患者的增多，艾滋病屬於免疫缺陷，尤其是獲得性免疫缺陷，抵抗力下降，肺孢子菌肺炎的感染率在增高，甚至可以成為艾滋病患者死亡非常重要的一個因素。腫瘤患者由於化療、放療，機體抵抗力下降，也會導致肺孢子菌感染導致的肺炎。免疫系統的疾病，自身免疫系統疾病的患者，長期接受免疫抑制治療，也會引起肺孢子菌感染導致的肺炎。

肺孢子菌是一種單細胞的生物，長期被歸類在原蟲之內，80年代被歸在真菌裡。肺孢子菌是一種條件致病菌，和其它真菌感染一樣，通常有易患因素，而且全身炎症反應不重，潛伏期比較長，不太容易被發現，或者很難得到肺孢子菌感染的診斷依據。通常通過纖維支氣管鏡肺泡灌洗，在灌洗液裡檢出肺孢子菌，通常是診斷肺孢子菌肺炎非常重要的診斷依據。