肺炎衣原體抗體通常是由於肺炎刺激機體產生，所以兒童衣原體肺炎抗體陽性可以支持診斷，同時可為機體提供防禦作用。患兒初次感染3周後即可出現IgM抗體，6-8周後出現IgG抗體，若患兒再次感染或重複感染，則1-2週會出現IgG抗體。因此，若想要明確診斷，建議患者查IgG抗體以及IgM抗體。

此外，抗體產生還與個體差異相關，如患兒抵抗力較強，則抗體產生較強、較快，陽性率較高且消退較慢，此時抗體的存在更有利於預防疾病反覆發作。在恢復期患者通常無需複查抗體，因為此時抗體不會對患兒造成任何傷害。