對於支原體感染的患者，使用紅黴素或阿奇黴素都可行，因為這兩種藥物均屬於大環內酯類，其中還包括羅紅黴素，都為支原體感染的首選用藥。有部分患者對大環內酯類的藥物不敏感時，可選用氟喹諾酮類的藥物進行治療，例如常用的有左氧氟沙星或莫西沙星等等。

除此以外，四環素類的藥物也可以用於肺炎、支原體肺炎的治療，但是四環素類的藥物不良的反應比較多，使用需要慎重，通常療程需要在2-3周才能治癒。還需要特別注意，肺炎支原體是一個無細胞壁的病原菌，因此青黴素、頭孢菌素類的藥物對其無效，在使用的時候需要注意，避免選用。