支原體感染治療還是相對比較容易。早期使用適當的抗菌藥物，可以減輕症狀以及縮短病程。支原體的感染有自限性，多數的病例不經治療可以自己好轉。

大環內酯類的抗菌藥物是治療的首選藥物，比如紅黴素、羅紅黴素和阿奇黴素；喹諾酮酮類藥物比如左氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星等；四環素類藥物也可以用於肺炎支原體的治療，一般療程是2-3周。因為肺炎支原體沒有細胞壁，所以青黴素或者頭孢菌素類的抗菌藥物是沒有效果的。對於劇烈的嗆咳者，應該給予適當的鎮咳藥。若繼發其他的細菌感染，可以根據痰的病原學檢查，選用針對性的抗菌藥物治療。