急性上呼吸道感染的病因目前不是完全明確，但是70%-80%是由病毒感染引起的。常見的病毒類型主要包括流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、鼻病毒、柯薩奇病毒、麻疹病毒、風疹病毒等。細菌感染可直接或者繼發於病毒感染後發生，同時以溶血性的鏈球菌細菌最多見，其次會出現流感嗜血桿菌、肺炎鏈球菌、葡萄球菌等，偶爾也可以出現革蘭氏陰性桿菌感染。感染主要表現為鼻炎、咽喉炎或扁桃體炎。另外急性上呼吸道感染也和患者的免疫、年齡、氣候等因素密切相關，比如寒冷空氣可以刺激腺體增加粘液分泌，導致呼吸道的纖毛運動減弱，黏膜血管收縮，局部血液循環障礙容易引起繼發的一些感染問題。同時由於吸入了有害氣體或者顆粒，也可以引起來上呼吸道感染，比如香菸、煙霧、粉塵，刺激性氣體二氧化碳、二氧化氮、有氯氣等，這些因素屬於理化因素，也可以損傷氣道上皮，導致氣道的淨化功能下降引起急性上呼吸道感染等。