肺膿腫的治療，首先是一般處理。因為肺膿腫有膿腔，裡面有膿液，先要想辦法將膿液引流出來。臨床上有體位引流，就是儘量讓膿腔處於高位，然後通過支氣管把膿液引流出來，也可通過纖支鏡引流，將膿腔裡面的膿痰吸出。如果膿腔比較靠近胸壁，還可以通過穿刺引流。只有保證引流，才會有下一步的恢復。

此外，因為都是感染形成的肺膿腫，大部分是厭氧菌、細菌感染，所以通常有針對性的選用抗厭氧菌的藥物來治療。肺膿腫抗炎治療的療程會比較長，輸液的時間可能會達到3-4周，比普通肺炎的治療時間更長。