傷寒病變最明顯的部位是腸道，比較容易出現的是腸出血和腸穿孔。其中腸出血是最常見的併發症，尤其是伴有腹瀉的患者更容易出現腸出血。出現少量的腸出血時，一般沒有明顯的症狀，或僅有輕度的頭痛、脈搏增快。大量的腸出血時，會出現溫度驟降，脈搏變得很快，體溫和脈搏呈交叉的現象，並有頭暈、面色蒼白、煩躁、出冷汗，以及血壓下降等休克的表現。

嚴重者出現腸穿孔，腸穿孔經常表現為右下腹劇烈疼痛，伴有噁心、嘔吐、出冷汗、呼吸急促、意識模糊，以及體溫、血壓都下降。腸穿孔是傷寒病人嚴重的併發症，嚴重時可危及生命。