支氣管結核預後與病變侵犯黏膜及氣管程度密切相關。早期發現、及時診斷，規範進行全身治療，並適當採取支氣管鏡下局部治療，一般預後良好，多數可根治。

氣管、支氣管結核與繼發性肺結核病變預後，最大不同之處在於隨結核病變好轉，氣管狹窄臨床症狀可能繼續加重，出現阻塞性炎症、肺不張等現象，致使混患者生存質量下降。一旦懷疑或確診為支氣管結核，建議儘早前往專業結核病醫院就診，採取積極、綜合治療方案，遵醫囑用藥治療，定期於纖維支氣管鏡下行局部治療，切勿擅自停藥或中斷治療，以免造成不良治療後果。