氣管鏡檢查在業務熟練的醫生操作下，大概3-5分鐘即可完成檢查。檢查之後患者會產生氣管不適，如刺激性咳嗽、咳痰，若檢查中取組織進行活檢，術後還可出現咳痰帶血等副作用。通過氣管鏡檢查以及取出標本進行化驗，可以明確支氣管內黏膜炎症、結核、腫瘤以及出血部位，辨別良性腫瘤、惡性腫瘤，另外，可以進行清除痰液以及細菌培養，但無法明確氣管外病變的性質。