肺部囊腫一般不嚴重，很多肺部囊腫可以伴隨終身，而不產生任何症狀。因此據統計，在呼吸系統疾病中，因為肺部囊腫診斷和治療患者，只佔所有呼吸系統疾病患者不到3%。從比例中可以看到，肺部囊腫患者發生嚴重症狀患者比例非常低。

因為在肺部囊腫較小時，不會和支氣管相通，因此不會有任何症狀，有時肺部囊腫腫大後會與支氣管相通，並且會發生繼發性感染，感染會造成患者出現部分症狀，如高熱、咳嗽、咳痰等，甚至出現吐血、寒戰、發冷等情況。一旦出現此類情況，需要及時就醫，進行抗感染治療，如果感染反覆發作，建議患者儘早進行手術干預，減少感染風險。

另一種情況是患者有巨大囊腫，巨大囊腫發生囊性變時會壓迫氣管或支氣管，造成較明顯呼吸困難。在呼吸困難基礎上可能還會伴發感染，因此會有咯血、發熱情況出現，然後部分囊腫破裂後囊液會流出，造成液氣胸，給患者造成困擾。

因此應該做好胸片和低劑量CT的定期複查，在複查中不但能夠早期發現肺部囊腫，而且能夠從隨訪中知道肺部囊腫變化情況，一旦出現增大或其它變化，可以早期干預，包括手術切除等。