一般情況下，患者在完善X片、胸部CT等檢查發現肺部病變時，如果能通過簡單的方式，如查看圖片、通過氣管鏡等方式能明確病變性質，或輸注抗生素後病變明顯消失、減少，無需進行穿刺。但如果通過上述手段，仍然不能明確病變性質，尤其當肺部有包塊、佔位時，需要進行肺部穿刺。

肺部穿刺可以取到患者的病變組織，送檢查後可以明確病變性質，到底是良性或惡性，便於進行下一步治療。除此之外，當患者懷疑有結核，但沒有取到證據的情況下，也可以進行肺部穿刺。且肺部穿刺可以獲得病原學依據，即將穿刺物送檢、培養，可明確感染的病原菌，如結核、真菌或其它病變。