甲狀腺功能減退通常不會引起關節疼痛，如果甲狀腺功能減退的患者合併以下疾病，會發生關節疼痛：

1、高尿酸血癥：高尿酸血癥容易引發痛風發作，痛風發作會引起關節腫痛，患者常見表現為在足的掌指關節，以及膝關節、踝關節出現紅、腫、熱、痛等；

2、自身免疫性疾病：部分患者由橋本甲狀腺炎引起甲狀腺功能減低症，橋本甲狀腺炎患者多數同時合併其他自身免疫性疾病。多數自身免疫性疾病會合並關節腫、痛，通常不會合並皮膚髮紅或皮溫增高，且疼痛不明顯，僅表現為關節的遊走性水腫，比如這段時間是膝關節，過段時間又變成踝關節。出現上述症狀的患者應及時到醫院就診，通過抽血化驗自身免疫性指標，明確診斷。