甲減可影響排卵，人體內分泌分為腎上腺軸、甲狀腺軸、性腺軸，可相互影響。甲減可導致促甲狀腺素或促甲狀腺激素增高，從而影響患者排卵及月經。因此甲減可引起患者月經紊亂、月經過多或月經不調，且影響患者排卵。甲減常見原因為自身免疫性甲狀腺炎，患者生殖系統也可有自身免疫性炎症，引發患者性腺軸激素紊亂，從而導致子宮內膜與卵巢等功能異常。

因此甲減為生殖醫學專科與不孕不育專科必須排除的疾病，若患者患有甲減，應將甲減調節正常，方可進行不孕不育治療。