新生兒甲減部分可自然緩解，但部分只能靠藥物干預，主要取決於發生原因，具體如下：

1、若新生兒甲減是因甲狀腺缺如、異位，或甲狀腺素合成缺陷導致，則考慮為永久性甲狀腺功能減低，就目前醫學水平而言，此部分患兒需要終身服用甲狀腺素，如優甲樂；

2、部分患兒是因在母體時，媽媽有甲狀腺疾病，對其甲狀腺發育造成暫時性影響，或者因早產或其它原因導致甲狀腺功能不成熟，在外界替代補充或其他因素解除後，此部分孩子甲狀腺功能可以恢復，甚至最後無需藥物治療可達到自然緩解狀態，但此過程不能叫治癒。對於因早產、甲狀腺未發育成熟，或者母親有甲狀腺疾病出現的甲減，待患兒2-3歲可嘗試停藥，若甲狀腺功能恢復正常，則此後無需藥物治療。