橋本甲狀腺炎所致的甲狀腺功能減退症的治療較簡單，分為治療甲狀腺功能減退症和治療橋本甲狀腺炎，具體如下：

1、治療甲狀腺功能減退症：可以口服補充甲狀腺素，如優甲樂，即左旋甲狀腺素鈉片，價格較便宜，具體劑量一般要根據患者甲狀腺功能的結果，在醫生的指導下進行調整，而且服藥後需要定期複查，根據複查的結果再決定劑量是否要增或減；

2、治療橋本甲狀腺炎：目前還沒有較有效的藥物可以降低橋本甲狀腺炎的抗體，抗甲狀腺過氧化物酶抗體(TPOA)和甲狀腺球蛋白抗體(TGA增高，會導致甲狀腺素合成減少，出現甲狀腺功能減退症。有學者研究發現，服用含硒的藥物，可以降低上述兩個抗體，也有研究提到服用冬蟲夏草之類的藥物，如百令膠囊等，對降低抗體也有一定的作用。但通常都是因人而異，如果情況允許，可以在醫生的指導下，嘗試服用上述藥物。