垂體瘤手術之後有一定幾率發生後遺症，但通常幾率較低。垂體瘤本身是由垂體中部分細胞發生瘤變引起，如果正常的垂體受到腫瘤侵襲、壓迫，可以出現垂體功能低下。在手術之後垂體功能更容易發生改變，患者可能會出現內分泌異常，最常見的是皮質醇激素、甲狀腺激素水平低下，以及部分性腺激素水平低下。激素水平低下部分是暫時存在，可以經過一段時間自行恢復；部分可能長期存在。當激素水平低下長期存在時，患者可以表現為乏力、食慾不振、虛弱多汗等，此時患者需要進行相關藥物替代治療。比如可以補充甲狀腺素、皮質醇激素等。而患者在激素替代治療之後，以上症狀大多可以得到緩解。

另外，垂體瘤手術之後，比較少見的併發症是尿崩症、視力方面的障礙以及鼻腔損傷等。而其中鼻腔損傷比較常見是鼻部疼痛、鼻中隔穿孔、鼻腔出血等，此時則可以針對不同症狀在五官科進行相應對症治療。