肢端肥大症需與垂體瘤以及異位分泌生長激素的其它系統腫瘤相鑑別。具體鑑別方法如下：

1、垂體生長激素腺瘤：通過垂體磁共振即可明確診斷；

2、分泌生長激素的異位腫瘤：可生長在腹部、胸腔，需用核素奧曲肽顯像進行明確；

3、厚皮厚骨膜綜合徵：表現為頭皮厚、易出褶，屬於臨床罕見遺傳病，易誤診為肢端肥大症。通過生長激素、ogtt檢查即可明確診斷。