磁共振檢查可以查到甲狀腺癌，但並不作為甲狀腺癌的首選檢查，磁共振對甲狀腺癌比較大的病灶具有較大的意義，但對於比較微小的甲狀腺癌的診斷意義不是很大，特別是對於現在小於1cm的微小乳頭狀癌，有的甚至小於5mm，這時磁共振並不佔有太大的優勢。

甲狀腺癌目前首選的檢查方式是彩超，對於甲狀腺微小癌有較高的分辨率，而且價格比較便宜，作為首選的診斷方法。對於彩超高度懷疑甲狀腺癌的可以進一步行穿刺檢查。磁共振對於比較大的甲狀腺癌的診斷具有較大意義，同時頸部淋巴結通過磁共振檢查可以達到較好的診斷。但磁共振也有缺點：

1、費用比較高；

2、做磁共振的時間相對比較長；

3、由此產生的運動偽影比較明顯，所以有一定的侷限性。