兒童打生長激素可能有副作用。任何藥物都存在潛在副作用，副作用有暫時性和永久性。大部分藥物說明書上標註藥物副作用是暫時性，停藥後機體自我循環代謝會把藥物排除體外。這些藥物在身體產生的副作用，隨著藥物代謝消失，如打生長激素後常見副作用是注射部位疼痛、紅腫，打針後可能出現血糖偏高。

如果兒童有糖尿病家族史，或者有糖尿病，不主張應用生長激素。因為生長激素有升血糖的作用，打生長激素會使血糖升高。也要注意永久性副作用，尤其是兒童骨齡已經閉合打生長激素，可能造成肢端發育異常。副作用可能是永久性，即打生長激素前，醫生要權衡利弊。