導致慢性腹瀉的原因較多，其中有一些原因會引起發熱。最常見的慢性腹瀉可能是腸道的慢性感染性疾病，包括一些病毒、細菌和特殊的病原體，其中有腸道的結核與一些不常見的病毒，比如鉅細胞病毒、EB病毒，以及現在越來越常見的HIV感染，這些感染性的腹瀉，有一部分會導致患者發熱。在發熱的情況下，患者首先會進行病原學篩查，來明確病因。

除感染之外，還有一些慢性腹瀉會合併發熱，潰瘍性結腸炎與炎症性腸病會導致較長時間的腹瀉，而且這種腹瀉排出的非水樣便，而是便中伴有黏液、血液，甚至膿液。更嚴重的時候，比如伴有腸道腫瘤、全身腫瘤，包括淋巴瘤、血液系統疾病的患者也會有全身發熱的表現，而起始的時候，有時並不能摸到腹部的包塊，或者發現有出血，而是以慢性的持續性低熱為主，患者體溫約37℃，或者<38℃，合併有慢性腹瀉時，一定要到醫院就醫，明確腹瀉合併有發熱的原因。