自體骨髓移植適合病人主要是淋巴瘤、多發性骨髓瘤、危險度比較低的急性白血病以及神經母細胞瘤等惡性腫瘤；還有良性疾病，比如難治性類風溼關節炎、系統性紅斑狼瘡、特發性血小板減少性紫癜、純紅再障等，治療過程分以下幾個階段：

1、自體骨髓移植採集，現在都是採集外周血幹細胞，大多數採用大劑量化療，繼之以打升白針、動員劑的方法，等待檢查外周血血象升高以後，通過機器血細胞分離機進行採集，與血液透析差不多的過程。病人或者供者躺在床上大約4個小時左右，採集的過程一般比較安全，也沒有痛苦；

2、採集後需要將採集種子細胞凍存在實驗室備用；

3、病人進到無菌倉病房後，先進行大劑量化療，大約5-10天，再從實驗室取回凍存種子細胞，在溫水中復甦，像輸血一樣通過靜脈輸回到病人的體內，等待造血恢復。大約2-3周左右，白細胞、血小板逐漸恢復正常。出倉後有規範隨訪的監測計劃，按時門診檢查治療，隨訪大約在2年以上。