腎萎縮沒有特效治療方法，已萎縮的腎臟不可能恢復正常。如果發現腎萎縮，需要尋找引起腎萎縮的病因，臨床上常見的是慢性腎臟疾病發展到終末期出現腎萎縮，因此腎萎縮可出現腎功能不全的表現，表現為消化道不適、貧血、電解質紊亂、酸鹼平衡代謝紊亂，也可以出現心衰。

對於慢性腎臟病引起的腎萎縮，主要治療是針對慢性腎功能不全的治療，在腎動脈疾病中，比如缺血性腎病，可以出現一側腎臟萎縮，主要是由於腎動脈粥樣硬化引起，同時合併其他各個大血管的動脈粥樣硬化，有的患者可出現高血壓，所以腎萎縮應積極控制血壓保護腎功能，避免腎功能進一步惡化。