白塞氏病發病因素非常複雜，目前為止研究不是非常清楚，主要考慮可能跟遺傳背景有關。如果檢測患者基因，可能會發現攜帶 HLA-B51基因。另外，也跟環境因素有關係，比如可能在一次感染之後誘發。

除此之外，分佈的區域主要在絲綢之路，故在日本、中國和西亞國家相對比較常見，在西方國家相對比較少見。因此，該病具體病因目前不是非常清楚，大致認為是自身免疫和自身炎症雙重作用的疾病，但是關於確切機制還有很多空間需要研究。