臨床上C1q升高大多數見於腫瘤、感染以及自身免疫病，當免疫複合物產生的時候會使得C1q升高激活C1q。另外，C1q降低也可以見一些肝病，因為補體是在肝細胞裡面產生，所以臨床上要檢測多種補體成分，包括C3、C4、C1q、C2s以及CIC等。通過檢測補體活性，診斷自身免疫病以及補體的缺乏病，以及對其他感染做出明確診斷。

實際上這種檢查臨床上相對比較少，補體分為多種成分，其中補體C1又分為C1q、C1r、C1s，而補體的產生跟很多疾病有關係，比如免疫複合物的產生，會激活補體，消耗固體，而激活補體有幾個不同的途徑，其中一個途徑是先激活C1，然後激活C4、C2、C3，而C1q是其中的主要成分。