如果沒有明顯誘因而出現的肌肉痠痛，需要鑑別肌肉本身的問題，比如肌肉炎症，無論是多發性肌炎還是皮肌炎，都可以導致肌肉疼痛。但是皮肌炎容易合併有皮疹。如果是免疫介導的壞死性肌肉病，也可以有肌肉疼痛的表現，這時需要進行肌炎抗體檢查。

如果出現發熱，也可以導致肌肉痠痛。所以需要進行體溫的監測，全身肌肉痠痛之後，需要注意尿的顏色，是否出現茶色尿。如果尿色發深，則需要警惕橫紋肌的溶解。這時在劇烈運動之後，或患有遺傳病，比如血卟啉病，可以導致尿色改變。

此外還要進行血液學檢查，比如肌酸激酶、肌酸激酶同工酶檢查。如果明顯升高，需要考慮到肌肉損害的因素。還有全身性因素，比如內分泌功能的紊亂，甲亢、甲減或一氧化碳中毒等因素，可以導致肌肉的損害，所以要進行鑑別。