混合性結締組織病治療相對較困難，一般治療分兩個方面，一般對症治療和從病因而言控制病情發展的慢作用藥的治療。具體如下：

1、對症治療：如果出現皮疹可以選用外用塗抹藥物或採用抗瘧藥，例如風溼免疫科常用硫酸羥氯喹，可以改變這種皮膚病變。關節腫脹疼痛可以選用非甾體類抗炎藥，例如依託考昔或美洛昔康；

2、控制病情的治療：如果病變侵犯內臟，引起肺間質纖維化或引起腎臟病變，需要應用免疫抑制劑治療。混合性結締組織病臨床使用中醫中藥治療有時可以達到較好效果，因為中醫中藥不僅有中藥口服湯劑治療，大部分患者如果配合中藥燻洗、中藥熱敷、溻漬等，一般會取得較好效果。