系統性紅斑狼瘡幾乎侵犯人體每一系統、每一組織器官，所以臨床表現複雜多樣，自然病程多表現為病情的加重與緩解交替的過程。臨床表現主要分為以下幾大類：

1、全身症狀：主要常見的是發熱、疲勞，其中除外感染因素的發熱常常是狼瘡活動的先兆；

2、皮膚和黏膜的病變：主要表現為鼻樑、顴骨部、面頰部的蝶形分佈的紅斑，這是系統性紅斑狼瘡特徵性的改變，其他表現包括光過敏、脫髮、手足、掌面和甲周的紅斑、盤狀紅斑、結節性紅斑、脂膜炎、網狀青斑、雷諾現象、口腔潰瘍等；

3、關節和肌肉的症狀：主要表現為多關節肌肉的疼痛、腫脹、肌無力等；

4、腎臟的損害：系統性紅斑狼瘡病人幾乎100%的腎臟病理活檢有損害，其中50%-70%的病人在狼瘡病程中會出現臨床腎臟受累的一些檢查異常，比如尿檢出現蛋白尿、血尿、管型尿，最終出現腎功能衰竭；

5、神經系統的損害：又稱為神經精神狼瘡、狼瘡腦，輕者僅僅有偏頭痛或者是記憶力的下降、輕度的認知障礙，重者會有腦血管意外、腦膜炎、昏迷或者癲癇持續狀態；

6、血液系統的損害：主要表現為貧血、白細胞減少或者血小板計數的減少；

7、肺部的損害：主要表現為常見的胸膜炎、胸腔積液、肺間質變、肺纖維化等；

8、心臟系統的損害：主要表現為心包炎、心包積液、心肌炎、心律失常等；

9、消化系統的損害：常見的比如噁心、嘔吐、腹痛、腸繫膜炎引起來的頑固性腹瀉，還有併發的胰腺炎、肝臟轉氨酶升高等；

10、其他器官的損害：常見的有眼部受累引起來的結膜炎、葡萄膜炎，伴有繼發性乾燥綜合徵引起來的口乾、眼乾；

11、免疫學的異常：主要體現在抗核抗體等一些自身抗體，比如高滴度的抗核抗體陽性，還有Sm抗體、雙鏈DNA抗磷脂抗體，其中抗SSB抗體與繼發性乾燥綜合徵有關係。