支原體感染經治療後反覆發作，如果患者出現相應症狀，並造成一定影響時，可再次進行藥物治療。患者可根據支原體培養藥敏結果選擇合適抗生素進行治療，通常以美滿黴素、阿奇黴素、氧氟沙星等抗生素治療為主，對於出現反覆感染的情況，可能由於耐藥率較高所致，此時還需根據藥敏結果進行選擇。通常認為不易出現耐藥的抗生素包括美滿黴素和阿奇黴素，耐藥率相對較低，易復發的患者可進行再次選擇。

但如果僅在單純檢查中存在支原體陽性情況，患者並無症狀，未出現尿道炎或精液質量受到影響，女性未出現盆腔炎、陰道炎等症狀時，患者不必過於緊張。此類情況並非支原體感染，即性病，若患者僅單純為支原體陽性，實際並未出現不適感，可以暫時觀察。因為支原體可能類似於皮膚表面的細菌，僅正常寄生於此，並未對人體造成影響。