生殖道支原體感染，主要是非淋菌性尿道炎和支原體引起的前列腺炎，這類感染大多數情況下是性接觸傳播。在非淋菌性尿道炎的治療上，首選抗生素治療，目前推薦多西環素、阿奇黴素和左氧氟沙星，要足劑量、足療程治療，性伴侶同時接受治療。

支原體導致的前列腺炎，要通過必要的病原學檢測，進行合理的用藥，但是用藥週期仍然存在爭議，用藥週期比較長，治癒率可達到50%左右。如果單一的抗生素治療效果不好，還可以使用綜合性療法，必要的時候進行尿道內灌藥治療。支原體引起的生殖道感染，大多數情況下可以治癒，只有極少數會出現反覆和遷延不愈。