支原體與一般的細菌不同，支原體感染為一種自限性疾病，多數患兒可自愈。部分患兒支原體感染後仍咳嗽、發燒，需進行藥物治療，絕大多數患兒7-10天內可治癒，少數患兒病情嚴重，會持續發燒1周，甚至2周，需使用抗支原體藥物，阿奇黴素或紅黴素等大環內酯類藥物較為有效。

若患兒持續發燒時間較長，還需考慮其他原因，如支原體感染後過度炎症反應，需應用抗炎藥物與激素。若支原體感染後合併細菌感染，需加用抗細菌藥物。若支原體感染引起肺炎後存在其他併發症或合併症，如胸腔積液，需針對胸腔積液進行處理。

若支原體感染後患兒持續咳嗽、發燒不退，要由醫生進行處理，絕大多數患兒在7-10天，1周左右可治癒。