一般情況下，淋巴結結核分為表淺的淋巴結結核，包括頸部、腋下等部位的淋巴結結核。常規的表淺的淋巴結結核手術之後會留下疤痕。手術過程中出現神經損傷時，相應部位會出現皮膚麻木、不正常的疼痛或疤痕收縮等比較常見的後遺症。

深部淋巴結結核更為複雜，深部的淋巴結結核包括心臟周圍、腹腔等部位的淋巴結結核，手術時損傷性比較大，併發症或後遺症與其它疾病手術出現的併發症相似，主要為局部疼痛、形成刀口疤痕等。