治療耐藥結核病的藥物首先和不耐藥的病人完全不一樣，原因就是因為不耐藥的結核病人用一線普通藥，如異煙肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇，基本上90%的初治病人不耐藥之後都能達到治癒。而如果一旦病人耐藥之後，一線的藥物難以奏效，這時可能就要啟動二線藥或者不常用的藥，主要包括：
1、喹諾酮類藥物：包括氧氟沙星、左氧氟沙星、加替沙星、莫西沙星，目前這類藥用的比較多的就是莫西沙星和左氧氟沙星；
2、注射劑：包括阿米卡星以及捲曲黴素；
3、第三類藥包括丙硫異煙胺、環絲氨酸、利奈唑胺、氯法齊明，特別是還包括貝達喹啉，貝達喹啉是最近60年來全世界產生的唯一一個有效治療耐多藥的藥物，該藥物在國內受保護，必須在有資質的醫院、資質的醫生才能使用。