腸繫膜淋巴結結核的患兒應嚴格規範地進行抗結核治療。臨床上患兒常用異煙肼、利福平等藥物進行治療，療程至少應保證在6-9個月。治療期間患兒儘可能持續服藥，保證療程充足，避免間斷服藥或過早停藥，以免小兒腸繫膜淋巴結結核反覆發作。同時還應定期對肝腎功能進行監測，一旦出現肝腎功能損傷，應立即換用對肝腎功能傷害較小的抗結核藥物進行治療。