無論膽囊結石需要行腹腔鏡膽囊切除，還是開腹膽囊切除，都有發生併發症的可能性。通常膽囊切除採取的金標準是腹腔鏡膽囊切除術，少數患者需要中轉開腹膽囊切除術。最嚴重的併發症為手術過程中由於炎症、解剖結構異常或者其它因素導致辨別管道困難，膽總管損傷或者肝動脈損傷，術後出現膽瘻或者膽管狹窄，即醫源性膽管損傷。

醫源性膽管損傷發生率很低，只有0.1%左右，但是處理較為棘手，會導致嚴重後果。因此，一旦發生這類併發症，要儘快轉到專業肝膽中心進行治療。此外，膽瘻、膽囊床出血都是膽囊結石術後常見的併發症，包括腹腔鏡或者開放手術切口感染、切口出血。