膽管結石的手術時間很難判斷，簡單的膽管結石手術時間可能僅需不到1小時，而複雜的膽管結石手術時間有可能需要5-6小時，甚至有時一次手術無法完全根治，還需要多次手術才能夠完成。相比肝內膽管結石，肝外膽管結石治療較為簡單，可以通過膽總管切開、膽道鏡取石或者內鏡ERCP的方式進行治療，一般手術花費時間相對較短。而肝內膽管結石較為複雜，不僅存在結石，而且還會造成病變膽管狹窄，甚至還有可能引起肝臟的萎縮和癌變。這時手術方式並不是單純地取出結石，還應當注意解除狹窄、通暢引流，必要時還需要通過切除部分肝臟，才能夠達到治療目的，會造成手術時間明顯延長。而對於肝內廣泛結石的患者，甚至有時候還需要分次進行手術，否則患者很難耐受。