門靜脈血栓形成的治療也可以分為基礎治療、介入治療、外科治療。基礎治療可以採取抗凝藥物，比如華法林類藥物進行口服。

如果患者的門靜脈血栓形成非常嚴重，形成了腸繫膜上靜脈血栓，導致整個腸道血液迴流受阻，需要採取介入或者外科的手段干預。介入手段最常見有兩種，一種是通過動脈途徑，一種是通過靜脈途徑。

通過動脈途徑可以把導管放到腸繫膜上動脈，從導管內注入尿激酶進行溶栓；靜脈途徑，需要穿刺腸繫膜上靜脈，通常是經過TIPS路徑，將導管直接放到腸繫膜上靜脈內進行溶栓。如果患者出現腸壞死徵象，不得不選擇外科手術切除，比如切除壞死腸段，才能保證患者存活。