只有少部分結石可以從自然管道排出體外，如膽囊或膽管內泥沙樣小結石，可以通過十二腸乳頭排放到十二指腸，並且隨著大便排出到體外。但大部分結石無法通過上述途徑排出到體外，包括膽囊以及肝內膽管中較大的結石，通常需要進行手術才能將結石取出。另外，目前大部分結石無法通過藥物溶解排出體外。

膽囊管本身的直徑只有幾毫米，而超過一釐米的膽囊結石則不可能通過膽囊管排出。並且肝內的結石容易粘附成團，呈泥沙狀改變，也很難通過自然管道排出，此時只能通過手術將病變的膽囊切除，或者將膽管打開，通過沖洗將結石排淨。