肝臟腫瘤微波消融治療主要包括術前麻醉、定位以及消融治療三個主要步驟。目前最常用的麻醉方式是穿刺點局部麻醉，然後聯合手術中靜脈使用一定量的鎮靜和鎮痛藥物進行麻醉。手術前的定位主要是手術前根據影像學表現，選擇最佳治療體位以及進針位點、路徑，然後進針路徑必須經過部分正常的肝組織，避開大血管、膽管以及胃腸道這些重要的臟器，從而可以有效地降低併發症的發生。

治療過程主要是定位以後，術前進行常規消毒，麻醉以後在皮膚上做2-3mm切口，在影像學引導下，根據術前定位、圖像以及設計好的路線，將微波消融針分佈進針，精準的穿刺到腫瘤靶區，通過再次掃描確定消融針的位置和腫瘤關係，確定位置關係比較好以後固定消融針。而啟動消融的冷循環系統和消融系統，一般從低功率逐漸開始，患者耐受的情況下可以適當提高功率，增大消融範圍，提高治療療效，而且還可以縮短手術時間，降低手術併發症。

另外，腫瘤目前一般都建議個體化綜合治療，針對肝內腫瘤，為了提高腫瘤治療的療效，建議手術前常規行血管造影和動脈化療栓塞，術後同步或者序貫的行醫學影像引導下消融治療。