雙側側腦室旁腔隙性腦梗死的治療，和普通腔隙性腦梗死的治療一樣，如果病人在急性期，可以給予抗血小板聚集，同時配合改善循環、活血化瘀的藥物，以及清除氧自由基腦保護的藥物。

如果病人過了急性期，可以啟動腦血管的二級預防，如果病人胃腸比較好，可以口服阿司匹林。如果患者有高血壓，建議患者口服長效的降壓藥，使血壓平穩的控制在140/90mmHg以下。如果病人有高血糖，建議空腹血糖控制在7-8mmol/L左右，餐後血糖不高於12mmol/L左右，同時建議患者低鹽低脂飲食，適當的運動，定期檢查血脂、血糖、血清同型半胱氨酸以及血管彩超。如果病人有動脈硬化，而且有斑塊，可以考慮使用保護血管內膜的他汀類藥物治療。