ERCP取石是一種微創手術，但任何手術都有一定風險，只是概率大小不同而已。ERCP取石的培訓週期較長，只有經過正規培訓的有資質的醫生才能實施手術。ERCP膽總管取石較大的幾個併發症是出血、胰腺炎、穿孔，雖然發生率比較低，但是一旦發生，處理起來比較棘手。

如果膽總管結石較大，造成化膿性膽管炎，膽管炎嚴重，或者部分患者基礎疾病較多，如肝硬化、血友病、高血壓，則容易發生出血。腦梗塞、長期服用抗炎藥的患者也容易出血。現在隨著技術水平的提高，併發症發生率逐漸降低，即使出現併發症，處理得力也會有良好的效果。