膽管結石的治療需明確結石處於膽管具體位置，常見於以下幾種情況：
1、肝內膽管結石：膽管分為肝內膽管和肝外膽管，在肝內膽管的結石需要明確結石症狀。某些肝內膽管結石會掉到肝外膽管，治療與肝外膽管結石治療原則相同。如果結石只侷限於肝內膽管，需明確結石分佈情況，是否對患者造成不良影響，是否對肝臟造成損害，如肝臟局部纖維化和萎縮，甚至肝臟局部癌變，上述情況肝內膽管結石需要手術治療；

2、肝外膽管結石：如果結石存在於肝外膽管，如肝外膽管原發結石，以及肝內膽管掉到肝外膽管的結石，通常均需要處理。有可能堵塞、堵住膽管出口，甚至造成膽管炎和胰腺炎，屬於比較嚴重的臨床情況。通常需要治療，治療方法分為內科治療和外科治療。內科治療可以通過ERCP，即十二指腸鏡，從口中下鏡進到十二指腸，將十二指腸乳頭切開，即從膽管下端匯入十二指腸乳頭的位置將石頭取出。如果通過上述技術手段未達到取淨結石的目的，患者要通過外科手術，打開肝外膽管將結石取出。