對於肝內膽管結石一般採用外科手術治療，治療膽管結石的原則為去除病灶、取盡結石、通暢引流、矯正狹窄。

患者存在膽管結石的原因是膽管內出現狹窄，導致膽汁流通不通暢，不通暢後則會導致膽汁淤積，並且產生結石。所以需要通暢引流、矯正狹窄。

目前除手術治療外，還有內鏡處理方法，比如硬鏡、膽道鏡和腹腔鏡，以及雙鏡法、三鏡法等很多治療手段。所以治療方法越來越先進，效果也越來越好、越來越明顯。