肝內膽管結石對於部分病人來講可能不會引起疼痛，尤其是比較少的邊緣性膽管結石。但是大部分的肝內膽管結石都會引起疼痛，堵塞肝內膽管，引起膽管發炎、化膿、黃疸、劇烈疼痛，少數病人還會發生癌變。臨床中經常會碰到這樣的案例，即由於長期的肝內膽管結石不手術，導致生肝癌或者膽管癌，也就是本來可以治好，最終發展變成絕症。

在20年前肝內膽管最容易發生威脅生命的是化膿性膽管炎，病人會發高燒、黃疸、顫抖、肚子疼，嚴重時可能會發生血壓下降、感染性休克，稱為急性化膿性膽管炎，此種情況會引起病人的死亡。但近幾年由於技術提高以及抗生素的應用，併發症已經相對比較少。