多數膽道疾病治療時可能需要進行膽腸吻合，比如多發性肝內膽管結石、膽道腫瘤，或者先天性的疾病，比如膽總管囊腫等。

膽腸吻合通常是肝膽管、膽總管、膽囊和腸道進行吻合，多數選用空腸進行吻合，少數情況下選用十二指腸進行吻合。吻合後最主要的問題是早期部分人可能會出現吻合口的癒合不良，導致出現膽瘻，患者的膽汁漏到腹腔。如果有引流管將膽汁及時引出，則不會有太大問題；而如果膽汁漏到腹腔，則可能會繼發感染。長此以往可能引發併發症，比如膽腸吻合口狹窄。出現膽腸吻合口狹窄後，患者還可能會出現逆行性感染，即由於腸道內容物進入膽道並引起發燒。