膽管空腸手術後可能會存在後遺症。正常情況下，十二指腸乳頭是單向閥門，膽道中的膽汁可從膽管流到腸道，但是腸道中食物渣、胃腸液等無法反向流到膽道。而如果進行膽腸吻合，十二指腸乳頭可能變成雙向閥門，膽汁可流到腸道，腸道內容物也可反流到膽管，產生相對比較常見的併發症，即逆行性感染。

如果腸道中部分內容物、細菌逆行進入膽道，可引起患者發燒、黃疸。此外，部分患者因為膽管狹窄導致膽道畸形擴張，也可能會出現黃疸。