肝內膽管結石屬於消化科比較常見的一種情況，單個、少量肝內膽管結石通常不會影響肝功能，而大量肝內膽管結石可影響肝功能。較為常見的是肝內有1-2個或者比較少量的膽管結石，通常只會影響局部膽管，對肝功能一般並沒有影響。

但對於極少數患者而言，如果在肝內膽管中有大量結石，如右肝管與左肝管幾乎被結石阻塞，這種情況會嚴重影響膽汁排泌。長期膽汁淤積會對肝功能造成損害，可引起膽管酶升高、膽紅素升高以及轉氨酶升高。因此，若存在大量肝內膽管結石，需要積極進行治療，包括藥物治療以及通過手術治療解除肝內膽管結石。