膽管結石行外科手術治療存在風險，手術風險大小與患者體質密切相關。年輕患者風險比年老患者風險小，存在心肺部慢性疾病的患者手術風險較大。相對而言併發膽管炎及肝臟病變，膽管結石手術較單純肝內膽管結石風險大。因為肝臟血供豐富，附近重要臟器眾多，膽道解剖變異等是導致膽管結石手術風險大的因素。

膽管結石殘留、肝外膽管損傷、血管損傷，或其他鄰近臟器意外損傷是膽道手術的主要併發症。膽道手術可以殘留結石，所以膽汁流動阻塞肝外膽管，嚴重者可引發胰腺炎。肝外膽管損傷可引起膽管狹窄、膽瘻等併發症，可能需要二次手術治療，血管損傷較少見，合併肝凝血功能差可引發出血。對於需要行肝部分切除的患者，術後肝功能需要一段時間的恢復，在此期間，肝功能較差，出血、感染風險大。

此外，其它少見手術風險包括肺部感染、麻醉併發症、深靜脈血栓形成、胃腸功能障礙等。所有臨床醫生在為患者行手術前均會完善相關檢查，評估患者有無心臟病、肺部疾患、糖尿病，近期有無心梗、腦血管病變、肝腎功能障礙等，不需要特別擔心風險問題。