EST手術治療以下疾病：

1、膽道結石、膽道蛔蟲、膽管內壞死性癌栓、膽道內黏液性的腫瘤、肝移植術後的鑄型膽栓、膽腸短路術後的盲端綜合徵，解除膽總管末端的梗阻；

2、縮窄性的乳頭炎、Oddi括約肌功能障礙、早期壺腹癌、急性梗阻性化膿性膽管炎的減壓與引流、膽源性胰腺炎的治療、醫源性或者外傷性膽瘻的治療。

其它診療前的必要步驟，比如置入大口徑的膽管支架、多支架的引流、母子膽道鏡檢查、腔內超聲檢查IDUS、胰管括約肌切開，進行胰管相應疾病的治療，都需要先做EST切開建立一個通道，才能達到下一步較好的治療效果。