肝內基本無痛覺神經，肝膽管結石一般不會引起局部膽管的痙攣收縮，可無疼痛。但部分患者壓力高的情況下可有症狀，形成局部高壓刺激肝包膜，出現隱痛，有的時候可有輕微脹感。但是不會有典型膽絞痛症狀，也不會有胃腸道的痙攣疼痛。

膽管結石會引起感染，膽汁逆行細菌繁殖可能引起全身症狀，甚至出現發燒。患者通常無黃疸發生，因為僅為分支堵塞，可能引膽紅素輕微升高。疼痛不是肝內膽管結石的主要症狀，懷疑肝內膽管結石時先應做B超以明確。部分患者為膽管內結石，部分患者為局部鈣化或周邊血管鈣化。如為局部膽管腔的擴張，毫無疑問是膽管結石。膽管結石的症狀不典型，患者一般不需做很多的鑑別診斷。